结合基因组学及社交网络解决流行病爆发问题

将最前沿的全基因测序和最热门的社交网络结合在一起，公共卫生系统官员们将能得到更详细的疾病爆发路径，并能行之有效地完成病情追踪和预防。在第111届美国微生物协会（American Society for Microbiology）全体大会上，加拿大英属哥伦比亚地区疾病预防控制中心（CDC）的工作人员，詹妮弗·加迪（Jennifer Gardy）如是表示。

为了证明这一结论，加迪列举了一项个例研究：在加拿大英属哥伦比亚的一个中等规模的社区，曾经爆发了一场发作周期约为3年的肺结核传染病。为了阻止这一疫情继续蔓延，当地公共卫生官员们曾试图用传统的流行病学方法确认发病源头及其他促进因素，但探查结果非常模糊。因此，研究人员们将两项新工具结合在一起，获得了疫情爆发的清晰走向。这两项工具，正是社交网络分析和针对微生物DNA的全基因组测序。过去10年里，社交网络在追踪感染性疾病方面的应用变得越来越普遍，与此同时，基因组测序也变得越来越低廉及迅速。

“完整的病原体基因组测试就是最终的DNA指纹，现在，随着基因测序所需时间和金钱的迅速减少，测序所有疾病爆发中的隔离菌将成为可能。”加迪评论说：“结合详细的临床及流行病学数据，公共卫生机构现已具备驾驭基因组测序的能力，也就是让我们重现疾病爆发路径，并且真正懂得病原体如何在人群中传播的能力。”

在这个案例中，加迪及其同事充分利用了社交网络Facebook, 他们询问病人详细的日程，包括病人们去了哪里，做了什么，这比起传统的流行病方法——询问病人接触什么人要有效的多。加迪认为：“除了一系列人名，你会知道更多的名字、地点和行为，因此你能够描绘出更详细的底层结构图。显然关键人物和关键地点及某些行为更能促进疾病的传播，这让你能够在信息更新后实时调整疾病爆发研究。”

在这个案例中，研究人员最终确认，疾病爆发并非由于肺结核病原体产生基因突变，而是由于该社区中可卡因的使用量增加，由于可卡因用户的房间里通风不畅，咳嗽使得该疾病大量传播。此外，他们还确认出在这一传播事件中的一些关键个体，这些个体将成为公共卫生官员监控疾病爆发的首要目标。加迪将遗传学流行病研究称为“流行病学及感染病研究方面一个激动人心的新方向，特别是对于公共卫生机构。”