三中决议的主题是“全面深化改革”。这意味着，深化医改要纳入到经济、政治、文化、社会和生态建设“五位一体”的改革中去。总体上看，三中决议提升了医疗卫生综合改革的统筹层次，强调了城乡一体化发展的思路，对政府明确提出了建机制的要求，对公立医院改革要求提速，对医疗服务体系一体化整合进行了谋篇布局。

具体而言，对比十八大报告、医改十二五规划和2013全国卫生工作会议等重要文件，有几点重要不同：一是关于五个重点领域综合改革，第一次在中央文件中突出“统筹”二字，五个领域不再是“单兵突进”，提升了综合改革的地位。

二是“网络化城乡基层医疗卫生服务”也是新提法，相对于过去“农村三级医疗卫生服务网络和城市社区卫生服务体系”的说法，体现了未来城乡一体化发展的重要方向，这隶属于新型城镇化战略的一部分。

三是关于公立医院改革，强调了“加快”二字，并且在取消“以药补医”方面，没有区分县级公立医院和城市公立医院，二者要求相同。

四是在落实政府责任中，提出了“建立科学的医疗绩效评价机制和适应行业特点的人才培养、人事薪酬制度”的要求，这在落实政府办医、强化政府监管职责的基础上，还强调了政府建立公益性运行机制的职责要求;其中，“适应行业特点”区别了医疗卫生同一般事业单位人事分配制度改革的不同。

五是关于分级诊疗，首次将与居民建立契约服务关系的主体由“全科医生”拓展到“社区医生”，这将扩大“健康首诊制度”的实行范围;而且首次明确了“信息化手段促进优质医疗资源纵向流动”，美国住院医师匹系统等机制创新或将成为参考经验。